두 가지 주요 측면이 있으며, 하나는 구조적 프로테오믹스이고, 다른 하나는 기능성 프로테오믹스이다. 연구 국경은 대략 세 가지 영역으로 나뉩니다.
(1) 게놈 또는 전사 데이터베이스, 즉, 구성성 프로테오믹스와 관련된 유기체 또는 조직 세포에 대한 프로테오메 또는 프로테아메 연계 군을 확립한다.
(2) 중요한 생활 과정 또는 주요 인간 질병을 위한 중요한 생리및 병리학 시스템 또는 프로세스의 현지 proteomics 또는 비교 proteomics를 수행합니다.
(3) 다양한 첨단 기술을 통해 단백질 간의 상호 작용을 연구하고 특정 시스템의 단백질, 즉 "세포 아틀라스" 프로테오믹스라고도 하는 대화형 프로테오믹스를 매핑한다.
또한, 프로테오믹스 연구의 심화와 함께, 세포 외 프로테오믹스 및 정량적 프로테오믹스와 같은 몇 가지 새로운 연구 지침이 나타났습니다. 프로테오믹스는 시스템 생물학의 중요한 연구 방법입니다.